小規模事業者持続化補助金の「特例」を解説！賃上げ・インボイス活用で最大250万円補助へ

2026年4月17日2026年4月20日

小規模事業者の皆様が、経営計画に基づいて販路開拓に取り組む際、非常に心強い味方となるのが「小規模事業者持続化補助金」です。

物価高騰や賃上げ、インボイス制度への対応など、激変する経営環境を乗り越えるための重要な支援策として位置づけられています。

現在、2026年4月30日を締切とする「第19回公募」の受付が最終盤を迎えていますが、この補助金は継続的に実施されており、次回の「第20回公募」も今春から夏にかけての開始が見込まれています。

今回は、戦略的な活用に欠かせない「補助上限額の引き上げ特例」について、その要件と注意点を詳しく解説します。

基本となる補助上限と補助率

まずは基本の仕組みを整理しましょう。

基本の補助上限額：５０万円
補助率： 補助対象経費の２/３

つまり、最大50万円の補助を受けるためには、75万円以上の対象経費を支出する必要があります。

この基本枠に対し、特定の条件を満たすことで上限が大幅に上乗せされるのが「特例」の仕組みです。

インボイス特例：＋ 50万円（最大100万円）

免税事業者からインボイス発行事業者へ転換した（する）事業者を支援する特例です。

適用条件

補助事業終了時点で「適格請求書発行事業者」の登録を受けており、以下のいずれかに該当すること。

2021年9月30日から2023年9月30日の属する課税期間で、一度でも免税事業者であった
2023年10月1日以降に創業した

注意事項

過去に「インボイス特例」または「インボイス枠」を活用したことがある事業者は対象外です。
申請時に登録通知書の写し（または e-Tax の受信通知）が必要です。

3. 賃金引上げ特例：＋ 150万円（最大200万円）

事業場内の最低賃金を引き上げる事業者を強力にバックアップする特例です。

適用条件

賃上げ額： 補助事業終了時点において、事業場内最低賃金を申請時より 「+50円以上」 引き上げること。
最低賃金の遵守： 地域別最低賃金以上である必要があります。
対象者： 申請時点で在籍している従業員（役員、親族、短期雇用者等を除く）。

赤字事業者への手厚い支援

賃金引上げに取り組む赤字事業者（直近1期の課税所得がゼロ以下）の場合、以下の優遇があります。

補助率アップ： 通常の2/3から3/4へ引き上げ
優先採択： 審査において加点が適用されます

非常に重要な「ペナルティ」

採択後に賃上げ要件を達成できなかった場合、正当な理由がない限り、その後18か月間にわたり「ものづくり補助金」や「IT導入補助金」など他の補助金申請で大幅な減点措置を受けます。
確実な実行の見通しが重要です。

特例の併用で最大 $250$ 万円の補助が可能！

「インボイス特例」と「賃金引上げ特例」の両方の要件を満たす場合、補助上限額は 最大250万円 まで跳ね上がります。

ただし、どちらか一方でも要件を欠くと、特例分だけでなく補助金全体が交付されない（0円になる）リスクがあるため、申請内容と実績報告の整合性には細心の注意が必要です。

申請に向けたステップとアドバイス

補助金の申請には、地域の商工会・商工会議所が発行する「事業支援計画書」が必要です。

窓口の混雑や発行までの時間を考慮し、早めの相談をお勧めします。

準備すべき主な書類（賃上げ特例の場合）

直近1か月分の賃金台帳の写し
雇用契約書などの雇用条件がわかる書類
（赤字の場合）確定申告書の写し

おわりに

小規模事業者持続化補助金は、単なる資金援助ではなく、自社の事業を見つめ直し、持続的な成長プランを描く絶好の機会です。

毛利中小企業診断士事務所では、小規模事業者持続化補助金の申請サポートは行っておりませんので、お近くの商工会議所、商工会へご相談ください。

小規模事業者持続化補助金とは、小規模事業者が自ら策定した経営計画に基づいて行う販路開拓などの取組に対して、その費用の一部を国が補助する制度です。

物価高騰や賃上げ、インボイス制度の導入といった経営環境の変化に対応するための支援として位置づけられており、地域の雇用と産業を支える小規模事業者にとって、非常に活用しやすい補助金のひとつです。

2026年4月30日を申請締切とする第19回公募はすでに受付最終盤となっていますが、この補助金は継続的に公募が行われており、次回の第20回も今春から夏にかけて公募要領の公開が予定されています。

今回は、補助上限額の仕組みについて整理しておきたいと思います。

まず基本となる補助上限額は50万円で、補助率は補助対象経費の3分の2です。

つまり最大で50万円の補助を受けるためには、75万円以上の対象経費を使う必要があります。この50万円という基本枠に対して、一定の条件を満たした事業者には特例として補助上限額の上乗せが認められています。

インボイス特例は、免税事業者から適格請求書発行事業者（インボイス登録事業者）へ転換した事業者を支援するための特例です。補助上限額に一律50万円が上乗せされ、基本枠と合わせて最大100万円の補助が受けられるようになります。この特例の対象となるのは、2021年9月30日から2023年9月30日の属する課税期間で一度でも免税事業者であった事業者、または2023年10月1日以降に創業した事業者で、補助事業の終了時点で適格請求書発行事業者の登録を受けていることが条件です。なお、過去にインボイス特例やインボイス枠を活用して補助事業を実施した事業者は対象外となります。また、通常枠の要件とインボイス特例の要件のどちらか一つでも満たさない場合は、特例分だけでなく補助金全体が交付されない点に注意が必要です。

賃金引上げ特例は、補助事業の終了時点において、事業場内最低賃金を申請時よりも1時間あたり50円以上引き上げた事業者が対象となります。この特例が認められると、補助上限額に150万円が上乗せされ、基本枠と合わせて最大200万円の補助が受けられます。対象となる従業員は申請時点で在籍している方に限られており、役員や同居の親族、短期雇用者などは算定対象に含まれません。また、申請時点で従業員がいない場合は特例の対象外となります。さらに、補助事業終了時点においても事業場内最低賃金が地域別最低賃金以上である必要があります。

この特例には強力な追加支援があります。賃金引上げ特例に取り組む事業者のうち、直近1期または直近1年間の課税所得がゼロ以下の赤字事業者については、補助率が通常の3分の2から4分の3へと引き上げられます。審査においても優先採択の加点が適用されるため、厳しい経営状況にある事業者ほど手厚い支援を受けられる設計になっています。

一方で、賃金引上げ特例には重要な注意点があります。採択を受けたにもかかわらず補助事業終了時点で賃上げ要件を達成できなかった場合、正当な理由（災害など）がない限り、その後18か月間にわたって中小企業庁が所管する他の補助金（ものづくり補助金、IT導入補助金など）への申請において大幅な減点措置を受けることになります。特例を申請する際は、確実に賃上げを実現できる見通しがあるかを慎重に判断することが重要です。

インボイス特例と賃金引上げ特例の両方を満たす場合は、補助上限額に200万円が上乗せされ、基本枠の50万円と合わせて最大250万円という非常に大きな補助を受けることが可能になります。ただし、この場合も両方の特例要件をすべて満たしていることが前提であり、いずれか一つでも要件を欠くと補助金全体が交付されなくなります。

補助金申請を検討する際は、自社がどの特例要件に該当するかをあらかじめ整理したうえで、商工会・商工会議所に相談することをお勧めします。申請にあたっては事業支援計画書の発行が必要であり、窓口への依頼から発行まで時間がかかる場合があるため、早めの行動が大切です。

毛利中小企業診断士事務所では、補助金申請に関するご相談もお受けしています。

ご興味のある方は、ぜひお気軽にお問い合わせください。